(Ambon 3/5/2004). Trong cố gắng quy lỗi cho những người Kitô Giáo trong vùng là chủ trương ly khai khỏi Indonesia, hôm Chúa Nhật 2/5/2004, cảnh sát Indonesia đã bắt vợ và toàn bộ gia đình của Alex Manuputty, một người Kitô Giáo lãnh đạo phong trào đòi ly khai khỏi Indonesia. Ông Alex Manuputty đang lưu vong tại Hoa Kỳ. Thị trưởng Ambon, ông Jopie Papilaya, cho biết là cảnh sát đã tìm thấy nhiều tài liệu quan trọng liên quan đến cuộc xung đột trong mấy ngày qua.

Theo lý luận của ông Jopie Papilaya, người Kitô Giáo đã chủ động trong cuộc giao tranh hiện nay, mặc dù, theo Đức Cha Petrus Mandagi, và các nguồn tin độc lập khác nhóm Hồi Giáo cực đoan “Pro-NKRI” (NKRI = Negara Kesatuan Republik Indonesia = Cộng Hòa Bất Khả Phân Nam Dương) đã tấn công trước.

Đáp lại, Đức Cha Petrus Mandagi và 4 nhà lãnh đạo các hệ phái Tin Lành trong vùng Ambon đã đưa ra một thông cáo chung chống lại việc "đồng hóa người Kitô Giáo với những người đòi ly khai". Thông cáo chung đưa ra hôm nay cũng kêu gọi nhà cầm quyền Indonesia phải sớm chấm dứt tình trạng bạo động tại đây.

"Chúng tôi là những Giáo Hội tại Maluku thấy cần thiết phải đưa ra thông báo chung khẳng định rằng người Kitô Giáo không thể bị đồng hóa với FKM/RMS,".

Cha Paulus Sigit Pramudji, tổng thư ký Hội Đồng Giám Mục Indonesia nhận định rằng "Chúng tôi đau buồn sâu sắc về thảm kịch này. Tôi không biết ai chủ mưu vụ này. Các nhà chức trách phải tìm ra".

Trong khi đó, tổng thư ký Ủy Ban Islamic Ulemas của Hồi Giáo, ông Din Syamsuddin cho rằng vụ này do bên ngoài xúi vào:

"Giao tiếp giữa người Hồi Giáo và Kitô Giáo rất tốt nơi chợ búa và các chốn công cộng. Tôi không tin rằng họ dùng bạo lực để hủy hoại đi các biểu tượng của nhau như trường học và các nơi thờ phượng".